Setelah mengatasi berbagai peristiwa yang penuh gejolak, sersan tentara bayaran Sousuke Sagara dari Mithril dan gadis sekolah "Berbisik" Kaname Chidori kembali ke kehidupan normal sekolah menengah mereka. Sousuke melanjutkan upayanya untuk berasimilasi dengan penduduk sipil dan mengelola misinya pada saat yang sama, sementara Kaname mencoba untuk mendukung usahanya (meskipun kejenakaannya sering membuatnya tersungkur). Namun, saat kehidupan mereka tenang, masalah baru mulai bermunculan. Kemunculan organisasi teroris independen yang dikenal sebagai Amalgam dan konflik internal di dalam Mithril mengancam akan memecah persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model Arm Slave baru yang kuat hanya memperburuk situasi ketika perdamaian dunia dipertaruhkan. Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertarungan batin mereka sendiri di tengah pertarungan yang mengancam jiwa, akankah mereka dapat membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?
